En estos días el filtro biológico es el sistema de filtrado que mas se utiliza en los acuarios de agua dulce sean peces tropicales como de agua fría.
El principio del acuario biológico son las bacterias aeróbicas que van transformando la materia orgánica. Haciendo un recorrido sencillo y fácil de entender por el ciclo del nitrógeno dentro del acuario podemos explicarlo de la siguiente forma:
Primero las heces de los peces y los restos de alimento en el acuario suben los niveles de amoniaco, altamente toxico para los peces.
Luego, un grupo de bacterias las consumen transformando el amoniaco en nitritos, que también es toxico, estos Nitritos son consumido por otro grupo de bacterias transformándolo en nitratos que son retirados del acuario en dos formas con los cambios de parciales de agua y por el carbón activado en caso de tener algún filtro con este material filtrante y en esta etapa este material esta disponible para ser asimilado para la plantas del acuario.
Estos grupos de bacterias limpiadoras son aeróbicas esto es que consumen oxigeno por lo tanto necesitamos un flujo constante de agua ya sea en la esponja de los filtros o en la grava en caso de los filtros de placas.